结构生物学

图表构建器 (EMDB)

电子显微镜数据库的可视化工具，支持自定义图表生成

核心功能: 实时参数拖动与自定义 SVG 导出
结构生物学

Scop3PTM Next

全面展示蛋白质翻译后修饰，覆盖序列、结构和相互作用

核心功能: 序列、3D 结构和网络视图之间的同步切换
结构生物学

Mol* (MolStar)

PDB 和其他主要数据库采用的行业标准 3D 分子查看器

核心功能: "MolViewStories" 用于创建交互式分子叙事
结构生物学

AlphaFold 数据库

Google DeepMind 的预测蛋白质结构数据库

核心功能: 交互式 PAE 图，在结构上突出显示预测误差
结构生物学

iCn3D

基于 WebGL 的网络结构查看器，支持可共享的交互式会话链接

核心功能: 通过 URL 一键共享完整的交互状态
多组学与数据

OSDR 可视化

NASA 空间生物学数据集可视化，包括辐射研究的 RadLab 数据

核心功能: 跨研究比较，具有交互式过滤和热图功能
多组学与数据

tidyheatmaps

用于基因表达热图可视化的 R 包，简化多组学整合

核心功能: 动态操作：交互式聚类、缩放和子集化
多组学与数据

DataMap

基于浏览器的 ShinyLive 应用，用于高维组学数据的热图、PCA 和 t-SNE

核心功能: 注重隐私：完全在浏览器中运行，具有实时降维功能
多组学与数据

Imageomics 目录

AI 驱动的目录，包含生物学的代码、数据集和模型（如 BioClip）

核心功能: 集成界面，可预览数据集并在线试用 AI 模型
单细胞与基因

LoVis4u

专为噬菌体和质粒设计的比较基因组位点可视化工具

核心功能: 高度可定制的注释交互和无损缩放
单细胞与基因

CELLxGENE

标准化数据集可视化平台，托管超过 3500 万个细胞

核心功能: 浏览器中实时的差异表达和注释
单细胞与基因

单细胞门户

开放获取门户，用于存储和交互式探索单细胞基因组数据

核心功能: 基于云的大规模矩阵可视化和子集分析
单细胞与基因

3D 基因组浏览器

探索染色质相互作用数据 (Hi-C) 和 3D 基因组结构的平台

核心功能: 虚拟 4C："切片"基因组热图以查看特定位点相互作用
临床与影像

MultiverSeg

具有上下文指导的多视图交互式医学图像分割工具

核心功能: 人机协作：模型根据用户点击即时更新
临床与影像

Slideflow

数字病理学 AI 工具，用于全幻灯片图像 (WSI) 处理和模型开发

核心功能: 交互式幻灯片查看器，结合实时模型推理热图
临床与影像

Eaglescope

临床/生物医学数据的无代码交互式可视化和队列选择

核心功能: 通过配置文件生成临床仪表板，无需专用服务器
临床与影像

PESSA

基于通路富集评分的肿瘤生存分析工具

核心功能: 实时 K-M 生存曲线生成，具有自定义基因集分析
系统生物学与神经科学

蓝脑 BioExplorer

神经科学数据可视化工具，用于提取和分析大规模科学数据

核心功能: 沉浸式渲染：参数驱动的神经回路飞越
系统生物学与神经科学

Reactome

生物通路和反应的交互式数据库

核心功能: "烟花"视图：从宏观通路到分子细节的无缝缩放
系统生物学与神经科学

ShinyGO

基因本体 (GO) 富集分析和可视化的易用平台

核心功能: 自动生成层次聚类树和 PPI 网络